【ブルーアーカイブ】メインストーリーあらすじまとめ〜「Vol.3 エデン条約」編

ゲヘナとトリニティ。憎み合っている両校は果たして和解できるのか……？

ストーリーの良さと世界観の奥深さに定評があるブルーアーカイブ。何度も見返したくなるお話がいっぱいのこのゲームですが、流石に全ての話を読み返していくのは一苦労ですし、「あの話ってどこの何話だったかな〜」と気になるところだけ見返したくなってもタイトルだけじゃすぐには探せないということで、あらすじ部分だけをまとめることにしました。

当然ですがネタバレ上等なので、まだこのストーリーを読んでいないという人は初見の感動を守るためUターンすることを強くオススメします。今回は「メインストーリーVol.3 エデン条約編」です。

Vol.1（対策委員会編）のあらすじはこちら。

Vol.2（時計じかけの花のパヴァーヌ編）のあらすじはこちら。

Vol.4（カルバノグの兎編）のあらすじはこちら。

Vol.5（百花繚乱編）のあらすじはこちら。

1章 補習授業、スタート！

落第が目の前に迫っている四人の生徒たち。「補習授業部」の担任として彼女たちを導き、その危機から救い出しましょう。

01 プロローグ

「エデン条約」、「七つの古則」、そして「楽園」について語るセイア。彼女は先生に対して、どこか不穏な言葉を告げる。

02 補習授業部

教室には先生とヒフミ、ハナコ、アズサ、そしてコハルが集まっていた。このままだと退学だと騒ぐコハルをヒフミが落ち着かせる様子を見ながら、先生は事の発端である数週間前のことを思い返す。

03 ティーパーティー

トリニティの生徒会長であるナギサとミカに誘われ、ティーパーティーに顔を出した先生。落第寸前の生徒たちが集まる「補習授業部」の担任になってほしいと頼まれ、それを承諾することに。その補習授業部の名簿の中には見知った名前があり、まさかと思いつつ教室に向かった先生は、部長であるヒフミと再会するのだった。

04 補習授業部の生徒たち（1）

ヒフミと共に、補習授業部の残りのメンバーに会いに行くことにした先生。二人は正義実現委員会に監禁されていた「ハナコ」、そして正義実現委員会との交戦の末に捕らえられた「アズサ」と出会う。

05 補習授業部の生徒たち（2）

ハナコとアズサを引き渡してもらおうとする先生だったが、正義実現委員会であるコハルに反発されてしまう。先輩であるハスミに説得されながら「補習授業部なんて恥ずかしい」と揶揄うコハルだったが、彼女もまた補習授業部のメンバーになることが発覚。コハルは自分の発言によるダメージを引きずりつつも、ようやく補習授業部のメンバーが全員揃うことに。

06 自己紹介をしましょう！

あらためて一堂に会した補習授業部。「三回中一回でも『全員同時に』合格すればOK」というルールが提示されつつ、軽い自己紹介の流れから、各々の事情が微かに明らかになる。それではみんなで頑張って乗り越えよう……という流れの中、コハルは「私はエリートだから！こんなところすぐに出てってやるから！」と自信満々に口にするのだった。

07 試験勉強

先生に勉強を教えてもらったりお互いに教え合ったりしながら、一次試験に向けて準備をする補習授業部の生徒たち。アズサの学習意欲は高く、ハナコもどうやら博識で、コハルは（自称）余裕とのこと。全体的に良い空気で進んでいる中、ヒフミの口から「一次試験で不合格者が出たら強制的に合宿」という事実が密かに発覚する。

08 第1次特別学力試験

試験が始まる中、今まで勉強した内容がそのまま出ており、試験自体の難易度もかなり低いことに安堵するヒフミ。しかし、蓋を開けてみると、ヒフミ以外の全員が不合格。補習授業部の合宿開催が決まるのだった。

09 水面下に揺らめく影

先生はナギサに、補習授業部の生徒たちが三回とも試験に通らなかったらどうなるのか、と尋ねる。その場合はもちろん「全員退学」であり、そもそも補習授業部は最初から生徒を退学させるための部活だと告げるナギサ。エデン条約の締結を妨害しようとする「裏切り者」、それが補習授業部の中にいるはず。ナギサは先生に対し、その裏切り者を探してほしいと口にするが……。

10 合宿、スタート！

合宿を行うため、トリニティの別館を訪れた補習授業部一同。到着直後からバタバタの彼女たちだったが、何はともあれまずは掃除から始めようということになる。

11 大掃除！

一通りの掃除を終えた後、ハナコがプールを掃除して水遊びをしようと提案する。本格的な勉強を始める前にとそれぞれ着替えた後、びしょびしょに濡れながら全員でプール掃除を始めるのだった。

12 合宿初日の夜

初日の夜、ヒフミは先生の元を訪れた。ナギサとの間にあった会話の内容を聞き、先生はヒフミに対して「その件は任せて」と告げる。ほぼ同時刻、見張りをしていたアズサとハナコが鉢合わせて……。

13 補習授業部の模擬試験

ヒフミは自分にできることをしようと模擬試験を作成するものの、結果はヒフミ以外惨敗。それでもその後の対策を練り、さらに良い成績を収めた場合はモモフレンズのグッズをプレゼントすると宣言する。微妙な反応をするハナコとコハルだったが、アズサの目は輝き始め……？

14 正義実現委員会の副委員長（1）

自習の途中、カバンの中にエッチな本を入れていたことがバレてしまったコハル。しかしそれは正義実現委員としての活動中の押収品で、間違えて持っていたとのこと。騒ぎになる前に戻しておいた方が良いという話になり、コハルと先生は正義実現委員会の教室へと向かうことになるのだった。

15 正義実現委員会の副委員長（2）

あらためて慌てて先生に説明するコハルに対し、先生は「無理に縛られなくても大丈夫」と口にする。それを受けてコハルは、実は自分はスパイなのだと先生に告白をすることに。その後、押収品を無事に戻したところでハスミと遭遇し、彼女は何やらコハルと内緒の話を始めるのだが……？

16 小さな隙間

ハナコとコハルの会話の途中、「七つの古則」のことを口にするアズサ。そのことに対し、ハナコはかなり驚いた様子を見せていた。その日の夜、ヒフミは先生の元を訪れ、模試の作成中に知ってしまったとある事実を告げる。その内容は、ハナコは間違いなく秀才であり、彼女はわざと試験に失敗しているとしか思えないというものだった。そんな混乱の翌朝、ミカが先生のもとを訪れて……。

17 トリニティの裏切り者

ナギサとの間にあった会話について触れつつ、ミカは先生に対して取引を持ちかけ、「トリニティの裏切り者」を教えてあげると告げる。その名は「白洲アズサ」。ミカは続けて、アズサを守ってほしいと口にするのだった。

2章 不可能な証明

陰謀と疑惑、そして裏切りが交差する暗闇の中、補習授業部の生徒たちは無事にこの危機を乗り越えることができるのでしょうか？

01 巨大な怪物

ナギサはエデン条約を通じて何かを狙っているかもしれない、と告げるミカ。自身の狙いを語りつつアズサを守ってほしいと言うミカは、ナギサを信じるのか自分を信じるのか、最終的には先生に決めてほしいと口にする。

02 シスターフッド

ある日、合宿中の補習授業部の元へシスターフッドのマリーが訪ねてくる。どうやらアズサが以前助けた生徒の代わりに、お礼を伝えに来たとのことだった。その晩、これからのことを相談するためにヒフミが先生の元を訪れた、と思いきや……？

03 深夜の密会

ハナコはアズサのことを心配し、先生の元を訪れたのだった。話の流れからハナコに対しても「三回不合格なら全員退学」という事実を伝え、ハナコはそこからさらに裏の事情を推測する。彼女はその説明を受けて今後の試験は最低限迷惑をかけないように頑張ると宣言しつつ、どうやら深夜に密会というこの状況が楽しそうな様子。しかしヒフミと共に先生の部屋を出た瞬間、トイレに行く途中だったコハルに見つかってしまい……？

04 水着パーティー

突然の雨によって洗濯物が全て濡れてしまい、他に着るものが無くなってしまった補習授業部一同は、パジャマパーティーならぬ水着パーティーを開くことに。以前よりも親交の深まった彼女たちは色んな話をして、学生らしい楽しい時間を過ごす。そんな一同はそのまま合宿の醍醐味として、合宿所を抜け出して夜の散歩へと出かけることに決めたのだった。

05 真夜中の大騒ぎ（1）

合宿所を抜け出して夜の散歩へと出かけた補習授業部一同は、ふと入ったスイーツ屋さんで正義実現委員会の副委員長であるハスミと出会う。ハスミは「お互いに見なかったことにしましょう」と告げ、コハルの頑張りを褒めていたその時、「美食研究会」が暴れているとの情報が舞い込む。

06 真夜中の大騒ぎ（2）

（戦闘前）エデン条約を目前に控えたこの状況で、ゲヘナとトリニティが正面衝突をしているように見えるのは良くないと判断したハスミは、補習授業部とシャーレに助けを求めることに。ハスミと肩を並べられてコハルが気合を入れたりしながら、一同は事態を鎮圧するために出発する。

（戦闘後）先生と補習授業部の活躍もあり、事態の収束に成功。逃げ出した美食研究会のメンバーたちも、正義実現委員会が追撃して無事に事なきを得るのだった。

07 新しい視点

美食研究会の身柄を引き取るために迎えに現れたのは、風紀委員会のヒナと救急医学部のセナ。初対面のセナと挨拶をした後、先生はヒナにエデン条約に関しての意見を聞く。

08 差し込む希望

その後も勉強を繰り返し、模擬試験とはいえようやくどうにか全員で合格点を取ることができた補習授業部一同。そのお祝いとして、テンションの上がったヒフミがモモフレンズグッズの授与式を始める。ハナコとコハルには遠慮されてしまったものの、アズサはかなり興奮している様子。アズサは最終的にヒフミに選んでもらったグッズを抱きしめながら、努力の証であり友達からの初めてのプレゼントであるそれを一生大切にすると嬉しそうに口にするのだった。そうして第2次特別学力試験の直前、先生はナギサからの呼び出しを受け……。

09 黒い手

ナギサに対して再び、誰かを疑うことに時間を費やすつもりは無いと告げる先生。そんなナギサの話を聞く中で、先生は「君はきっと疑心暗鬼の闇の中にいる」と口にし、そこから必ずや出してみせる、補習授業部のみんなも絶対に合格させると宣言する。

10 第2次特別学力試験（1）

（戦闘前）第2次特別学力試験の前日、試験範囲・合格ライン・試験場所の突然の変更を受け、戸惑う補習授業部一同。しかし、それでも最後まで足掻くしかないというアズサの言葉を受け、あらためて一同は試験会場であるゲヘナの自治区へと向かう。

（戦闘後）ゲヘナの自治区へと向かう最中、不良たちに道を塞がれるが、補習授業部一同は何とか強行突破で進んでいく。

11 第2次特別学力試験（2）

ゲヘナの自治区へと入った補習授業部一同だったが、その行く手を風紀委員会によって塞がれてしまう。コハルの見た目から正義実現委員会の襲撃だと判断され、危うく戦闘になるところだったが、そこを美食研究会のメンバーたちに助けられる。爆発と銃撃の中を何とか通り抜け、試験会場へと辿り着く一同だったが、ナギサの妨害はそれだけでは終わらず……！？

12 再び原点へと

第2次特別学力試験での妨害を目にし、補習授業部一同はティーパーティーが本気で自分たちを退学させようとしていることを実感する。先生もナギサやミカにどうにかコンタクトを取ろうとするがそれも叶わず、打開策は見えない。その日の夜、ひとり部屋を抜け出したアズサをハナコが尾行し……。

13 それでも

窮地に追い込まれても、それでも諦めずに努力を続ける補習授業部一同。最後の試験に向けて、理不尽なハードルをみんなで乗り越えるべく、ただひたむきに勉強を続ける。そして最後の試験を翌日に迎えた夜、アズサは「サオリ」という少女と密会しており、その様子をハナコが陰から見守っていた。

14 こくはく

眠れずに先生の元を訪れていたヒフミとハナコ、そしてコハルが更なる妨害行為について話していた最中、どこからか戻ってきたアズサが「トリニティの裏切り者」は自分だと告げる。しかし先生はそれを否定し、糾弾するかのように見えたハナコもまた「誰か」の話を引き合いに出しながら、彼女に共感を示す。何も諦めたくない、そのために一同はハナコの作戦をもとに行動を開始する。

15 火蓋は切られて

アリウスに先んじて、ナギサをさらうことに成功したアズサとハナコ。アズサはこれまで仕込んできたトラップを用いながら、アリウスとの交戦へと突入する。

16 激戦

数はだいぶ減らされたものの、それでもアズサとハナコを追い詰めるアリウス。しかしその状況は、補習授業部一同が仕掛けた罠だった。先生とヒフミ、コハルも合流し、逃げ場のない状況で戦闘が始まる。

17 そんな世界も（1）

（戦闘前）何とかアリウスの生徒たちを戦闘不能に追い込んだ補習授業部一同だったが、想定よりも増援が早く、なぜか正義実現委員会も動かない。ハナコが疑問に思ったその時、ティーパーティーのミカが現れる。彼女は自分こそが「本当のトリニテの裏切り者」だと告げ、その計画を口にし、補習授業部を片付けてとアリウスに指示をする。

（戦闘後）交戦は続くもののそれでも中々倒れない一同を見て、これが「大人」そして「シャーレ」の力なのかなと感心するミカ。そんな最中彼女がセイアの話を持ち出し、アズサが動揺したその時、本来動くはずがない「シスターフッド」が参戦する。

18 そんな世界も（2）

（戦闘前）ハナコの画策により、本来干渉してくるはずがないシスターフッドが動き出した。シスターフッドの歌住サクラコは、慣習には反するものの介入させていただきますと告げ、ミカたちとの交戦が始まる。

（戦闘後）補習授業部とシャーレ、そしてシスターフッドたちの前に敗れたミカ。ハナコから聞かされた新たな事実に安堵の声を漏らしつつ、彼女は自身の負けを認めて降参する。そんなミカは先生との別れ際、あの時の言葉は本当に嬉しかったと告げ、その先にあったかもしれない世界のことを想う。彼女は何とも言えない笑顔を浮かべたまま、先生に別れを告げるのだった。

19 第3次特別学力試験

数多くのハプニングを乗り越え、走り続けてきたその先、ようやく最後の試験会場へと辿り着いた補習授業部一同。彼女たちのこれまでの努力はしっかりとその実を結び、全員で試験に合格することができたのだった。

20 エピローグ

セイアはこれまでの努力を評価しつつも、先生に対しそれでもまだ終わっていないと告げる。そうして、ついにアリウススクワッドが動き始め……。

3章 私たちの物語

ついに迎えた、エデン条約調印式の当日。平和に見えていた日常に亀裂が入り、混乱と憎悪が加速する。最後に全てが収束する先は「破局」か、それとも──

01 ポストモーテム（1）

自分を襲撃しに来た相手に対し、静かに語りかけるセイア。彼女がこの先のことについて問いかけたところで、先生は目を覚ます。その後先生は、サクラコからセイアが襲撃された件の顛末について話を聞かせてもらい……

02 ポストモーテム（2）

シスターフッドのサクラコはアズサの結果について認め、シスターフッドの保証の元、彼女は正式にトリニティの生徒になることに。ハナコと先生はそのことに安堵しつつ、話の内容はナギサとミカの件へと移っていく。

03 ポストモーテム（3）

ナギサに続き、ハナコもまた監獄にいるミカの元へと訪れていた。ハナコはミカの前で、彼女の動機に関する推測を口にするものの…..

04 それから

まだ問題は幾つもあるものの、トリニティでは静かで平和な日常が繰り広げられていた。その頃先生はゲヘナの方を訪れ、マコトやヒナたちに会いに来ており……？

05 エデン条約調印式（1）

ついにエデン条約の調印式当日。クロノスのシノンがその状況を中継しつつ盛り上がる空気の中、補習授業部一同は合格を祝してファミレスでちょっとしたパーティーを開いていた。

06 エデン条約調印式（2）

先生はシスターフッドのヒナタに案内してもらいながら「通功の古聖堂」へと足を踏み入れ、トリニティの歴史に関する話を聞いていた。時を同じくして、アリウススクワッドが作戦を開始。トリニティの上空で、ミサイルが軌道を描き──

07 火と灰に染まる日（1）

（戦闘前）ミサイルの爆撃によって周辺一帯は大混乱。その隙を狙い、古聖堂の地下へと侵入していくアリウススクワッドたち。突然の状況に対し、正義実現委員会のツルギとハスミ、そしてヒナタたちが応戦する。

（戦闘後）応戦する中で、どこか相手の様子に違和感を覚えるツルギやハスミたち。ヒナタはその姿を見て、あれは「ユスティナ聖徒会」だと口にする。

08 火と灰に染まる日（2）

シスターフッドのヒナタ、正義実現委員会のツルギとハスミ、そしてゲヘナ風紀委員会のヒナ。一同は先生を守りつつ、ユスティナ聖徒会を相手に戦い続ける。

09 憎悪の確認

（戦闘前）ハスミたちから送り出されたヒナと先生だったが、立ち塞がる相手の数も多い中、アリウススクワッドのヒヨリまでも参戦し、戦闘が続いていく。

（戦闘後）アリウスがエデン条約に調印したと告げるサオリは、これまで積み上げられてきた憎悪について口にしながら、先生へと銃口を向ける。そのまま撃ち抜かれてしまう先生だったが、風紀委員会のヒナと応急医学部のセナの手によって何とかその場を脱出。気を失った先生は、夢の中でセイアと出会い……

10 甘い嘘

夢の中で再びセイアと出会った先生。セイアの口からは、エデン条約とゲマトリアに関する話が紡がれる。一方アリウスとの戦闘へと突入したアズサだったが正面からは太刀打ちできず、どうにかしてその場を脱出するのだった。

11 加速する混乱（1）

ハナコはサクラコに代わってシスターフッドの混乱を収めに向かい、コハルはあたふたしつつも正義実現委員会に緊急招集されることに。補習授業部一同はバラバラになりながらも各地で己の為すべきことを始めた。ほぼ同時刻、負傷した先生を乗せたゲヘナの救急車が、トリニティへと到着し……？

12 加速する混乱（2）

分析の結果、古聖堂へと放たれたミサイルはゲヘナではなくトリニティから発射されていたことが明らかに。「ユスティナ聖徒会」の映像を見たハナコは、このままでは最悪の場合トリニティとゲヘナがキヴォトスから消えることになると悟ってしまう。

13 届かない向こう側

ヒフミはようやくアズサのもとへと辿り着くが、アズサはここから先には来てはいけないと拒絶する。自分のせいでみんなが怪我をした、私はこれからサオリのヘイローを破壊して人殺しになる……決意に満ちた眼差しでそう告げるアズサは、ヒフミへの感謝の言葉を残して消えてしまう。ヒフミはアズサを引き留めようとするが、その声は届くことなく……。

14 暗闇の中で

「戦術兵器」を手にし、ユスティナと共にトリニティへの進撃を開始しようとしたアリウススクワッドだったが、いつの間に仕込まれていたアズサのトラップに翻弄される。それでもサオリに追い詰められる中、アズサは「とある爆弾」を使ってその場から離脱することに成功。しかし不意を突くためだとしても、ヒフミとの友情の証を人殺しの道具に使ってしまったアズサは、罪悪感に苦しみながらもう二度とヒフミたちの元に戻れないと嗚咽を漏らすのだった。

15 五つ目の古則への答え

セイアは先生に対したとえ信じたところで、どう足掻いてもこれが終着地点だと口にする。しかし先生は「この先」のため、生徒たちのため、やらなきゃいけないことがあるからとその場を後にする。

16 いくつかの欠片たち

アズサの爆弾をその身に受けたと思われたサオリだったが、その直撃をアツコが咄嗟にかばっていた。姿を消した風紀委員長のヒナ、逮捕されようとしているハナコ、そして檻から解放されるミカ。その時、先生がようやく目を覚まし──

17 憎しみの正体

ティーパーティー傘下の主戦派たちの要望を素っ気なく拒絶し、無抵抗のまま殴られ続けていたミカのもとにコハルが駆けつける。脅されても、断固としてそれを拒否するコハル。そんな一触即発の状況で先生も到着。ミカは自身が発した言葉に戸惑いながらも、ぽつぽつと言葉を口にしていく。

18 迷わずに

徐々に目を覚まし始める生徒たちの元へと、一人ずつ訪れていく先生。コハルとヒフミ、ハナコもようやく集まり、彼女たちはアズサのもとへ向かうべく古聖堂の廃墟を目指すのだった。

19 私たちの物語

ヒナの元を訪れた先生。これまでの事態を経て弱り切った彼女は、ようやく自身の内面を少し吐露する。やっと少しだけ甘えられた彼女は再び、ゆっくりと立ち上がろうとしていた。ヒフミはあらためてアズサの元へと向かい、彼女の前で自身の本当の姿が「覆面水着団のリーダー」であると明かし、だから私たちは違うなんてことは無いのだと口にする。ヒフミの高らかな宣言と共にエデン条約は捻じ曲げられ、もうひとつのエデン条約機構が発足するのだった。

20 楽園の名前は（1）

ゲヘナの風紀委員会、トリニティの正義実現委員会、それにアビドスが加わり、アリウススクワッドへと立ち向かっていく。

21 楽園の名前は（2）

（戦闘前）懐かしい面々が再会しつつ、 学校同士の力が次々に合わさっていき……。

（戦闘後）ETO同士の戦いを見守りながら、 セイアは自分の負けだと静かに口にする。

22 楽園の名前は（3）

戒律が徐々に意味を失い、旗色が悪くなっていくアリウススクワッド。メンバーたちは諦めつつある中で、それでもサオリは信念を捨てようとはしない。

23 古聖堂の地下に

古聖堂の地下へと向かうサオリ。 アズサと先生は決着をつけるため、 彼女の後を追っていく。

24 誰の憎しみ

（戦闘前）倒れたサオリのもとにアツコが現れ、彼女は沈黙を破って「もうやめよう」と口にする。各位が満身創痍の中、そこに訪れたマエストロに対抗するべく、先生は「大人のカード」を取り出す。

（戦闘後）戦闘を終えるとアリウススクワッドはどこかへと姿を消し、そのまま暗闇の中へと消えていってしまうのだった。

25 エピローグ

目を覚ました万魔殿、再び集まったティーパーティー、そして補習授業部一同。取りこぼしてしまったものもある中で、日常は徐々にその色を取り戻していく。一方、裏側ではアリウススクワッドを狙って謎の存在が動き始め……？

4章 忘れられた神々のためのキリエ

自分たちの所属していた学園からも見放されてしまったアリウススクワッド──憎悪と怒りの狭間で彷徨う彼女らに、果たして慈悲は存在するのでしょうか？

01 プロローグ

果てしなく続く闘争と逃走の末、追い詰められてしまったアリウススクワッド。アツコは他の仲間を助けるため、ベアトリーチェと約束を交わし自らその身を追手に委ねる。しかし、残された3人に降り注いだのは慈悲のない弾丸だった──。

02 不揃いなティーパーティー

エデン条約事件の事後処理を聞くためにトリニティを訪れた先生。ナギサと話すだけだと思っていたところに、ティーパーティーを手伝うという名目で、シスターフッドのサクラコと救護騎士団のミネが話し合いに参加することに。気まずい空気の中、ナギサは近日中にミカの今後を決める聴聞会が開かれることを告げる。

03 檻の中のお姫様

欠席すれば退学は免れないというのに、ミカが聴聞会に出ないつもりだとナギサに伝えられた先生。本人から話を聞くために彼女の檻を訪れると、ミカは自分はまだセイアに許されていない存在だし、断罪されるのも仕方がないのだと自嘲気味に笑う。けれど、その瞳にはまだ迷いがあるように見えた。セイアを説得するからナギサと三人で聴聞会に出席しよう、と励ます先生の言葉に胸を打たれ、ミカは前を向いて聴聞会に参加する決意を固めるのだった。

04 夢と蜃気楼の狭間で

「キヴォトスが終焉を迎える夢を見た」そう告げるセイアの瞳は濁っていた。夢で見た光景の正体を追求するために明晰夢を見すぎたセイアは、夢と現実の区別さえ曖昧になってしまったのだという。その光景を引き起こす元凶がゲマトリアだと伝えられた先生は、セイアにそれ以上その夢を追いかけることをやめるように説き、「ミカの聴聞会に出席してくれないか」と言葉を続ける。そうしてミカと向き合うことを決めた矢先に、セイアはまた別の夢に囚われていくのだった。

05 不可解な探求者

「ゲマトリア」の会合を目撃してしまったセイアは、ベアトリーチェがアリウススクワッドを使って先生を始末しようとしている事を知る。既にアリウス自治区がゲマトリアの手に落ちている事実に気づいたと同時に、ゲマトリアにその存在を勘付かれてしまったセイアは、急いで現実に戻って、この事実を誰かに伝えなければと焦る。時を同じくして、セイアと話し合うべく呼び出されたミカが部屋を訪れ──。

06 折れてしまった羽

ゲマトリアの会合を目撃したことによる精神のダメージで錯乱してしまったセイアは、部屋を訪れたミカを詰問してしまう。そうして、ロクに言葉を交わせぬまま再び予知夢の世界に誘われたセイアは、その先でアリウス・バシリカで磔にされたアツコを目にし、呆然としているところをベアトリーチェに捕らえられてしまうのだった。一方、発信元不明のメールによって裏通りに呼び出された先生は、アリウススクワッドのリーダー、サオリと邂逅を果たし──。

07 選択と決断

ベアトリーチェに攻撃されたセイアは危篤状態に陥ってしまい、ミカはセイアを傷つけた犯人として糾弾されてしまう。為す術もなく眼の前で大切な人が傷つくさまを目の当たりにしたミカは、原因を作ったアリウススクワッドのサオリに復讐を決意するのだった。一方、先生を呼び出したサオリは、先生以外に頼る宛がないのだと心情を吐露し、自分の命を預ける代わりに助けて欲しいと懇願する。その言葉に、命を預けなくても良いと笑いながら、先生はサオリの手を取るのだった。

08 「アリウススクワッド」

散り散りになったアリウススクワッドのメンバーを探すことにした先生とサオリ。無事ヒヨリとミサキと合流し、彼女たちがベアトリーチェから「先生を始末すれば裏切りを許す」と告げられていた事を知る。それでも先生は彼女たちの手助けを続けると頷き、共にアリウス自治区へと向かうのだった。

09 アリウス自治区へ（1）

（戦闘前）アリウス自治区の入り口は、トリニティ地下に存在するカタコンベを通過しなければならないのだという。無数に存在す地下の入口のうち、正しい入り口と内部ルートを通らねば自治区にたどり着くことはできず、しかも一定周期で変化するのだとか。かろうじてまだ使える入り口に急ぐ一行の前に、ベアトリーチェの放ったアリウス生徒たちが立ちふさがるのだった。

（戦闘後）先生の指揮によって、アリウス生徒を一掃した一行。喜ぶのも束の間、迫りくるタイムリミットを前に足を止めている時間はない。不安と焦りを抱えながら、それでも彼らは姫を救うためにかつての味方に銃を向ける決意を固めるのだった。

10 アリウス自治区へ（2）

（戦闘前）地下道を通り、カタコンベの入り口に到達した一行。迂回路はなく、残された道はもうない。ベアトリーチェもそれを熟知しているからこそ、この先には更に多くの兵士が構えているだろう。待ち受けているのがたとえ同胞であったとしても、進むより他ない。自分たちが止まれば、アツコの命はないのだから──。

（戦闘後）アリウス生徒と一行が交戦している最中、突如として硝煙と共に第三の乱入者が現れる。その場にそぐわない底抜けに明るい声を響かせながら、彼女──聖園ミカはうっそりと笑った。

11 追撃者

突如として乱入してきたミカを前に、為す術もなく倒れるアリウススクワッド。ミサキが捕らえられ、窮地に陥ったその時、遅れてやってきた先生を前にミカはこんな自分の姿など見られたくなかったと錯乱してしまう。そこにアリウス生徒の追手が合流し、事態は乱戦に……一行はその隙を見計らって、カタコンベを駆け抜けるのだった。

12 アリウス自治区

ついにアリウス自治区に到着したスクワッド。これからの作戦を立てようとするミサキを前に、疲労が限界に達したサオリが熱を出して倒れてしまう。ひとまず、サオリを寝かせて解熱剤を飲ませ、一行は一時の休息をとる──夢の中で、先生はセイアから再びアリウス自治区から離れるよう警告を受けるのだった。

13 私たちのこれまで

目が覚めた先生は、ミサキとヒヨリからアリウス自治区とスクワッドの過去を聞かせてもらう事に。アリウスの内戦、ベアトリーチェの教育、アツコの血統、そしてスクワッドの絆……そのうちに熱が下がったサオリが目覚め、一行は再びバシリカを目指して歩を進めていくのだった。

14 邂逅

（戦闘前）廃墟と化した自治区の跡地を通り、旧校舎へと向かう一行の前に、ベアトリーチェとユスティナ聖徒会が立ちはだかる。任務の真実を前に呆然とするスクワッドをよそに、ベアトリーチェは先生に対し、この世界の真実を知りたくはないかと言葉を続ける。知りたくば邪魔をするなと。先生はその提案を断り、一行は聖徒会と交戦するのだった。

（戦闘後）聖徒会との交戦中にまたも乱入してきたミカは、スクワッドに向かってその銃口を向ける。──その瞳には深い憎悪が湛えられていた。

15 残されたもの

（戦闘前）先生は、ミカを止めようと言葉をかけるも、一度先生を裏切ったのなら二度も三度も同じだと開き直られてしまう。言葉で止めるのは無理だと判断した先生は、その動きを封じるべくスクワッドと共に制圧に乗り出すのだった。

（戦闘後）大人しくなったミカに、「セイアは無事だからトリニティに戻って」と伝える先生。けれど、その言葉を前に、ミカは自分に帰る場所などないとこぼし、サオリへの憎しみを吐露する。そうして再び姿を消した彼女を追いかける時間など残されておらず……一行は、やるせない気持ちを抱えたまま、アリウス分校の旧校舎へと足を踏み入れるのだった。

16 地下回廊

旧校舎の地下に無事回廊を見つけた一行。通路を進む最中、突如として倒れてきた柱によってスクワッドは分断されてしまう。一人になったサオリの前に、姿を現したのは、先程走り去っていった聖園ミカその人だった。先生とスクワッドが一緒にいてはまともに戦えないと考えたミカは、一対一に持ち込むために柱を壊したのだと笑う。そうして、サオリとミ力は二人きりで相対するのだった。

17 対決

崩れた柱の向こうに取り残されたサオリとミカ。サオリは自分をおいて先に進むように先生に告げ、2人の戦いの火蓋は切って落とされた。一方、それを観測しているベアトリーチェはセイアに対し、この世界に到来する不吉な光について語るのだった。

18 もう一人の私たち

ミカとの戦いに敗れたサオリは、ありし日のアリウスの姿を回想していた。幼き日の自分たち、過酷な訓練、そして去っていくアズサ──ミカが告げたトリニティとの和解を信じることができず、彼女を騙し陥れ利用したことによって起きた様々な出来事を後悔と共に吐き出すサオリを前に、ミカはサオリも自分と同じだと、彼女を殺してしまえば自分に救いなどないと証明してしまうことになるのだと嘆き、涙を流すのだった。

19 無限の可能性

（戦闘前）ミカとサオリの前に現れた先生は、ミカに対してきちんと説明をしなかった事を謝罪し、やり直す機会は何度でもあるのだと告げる。2人には未来があるのだと勇気づける先生に対し、その様子を盗み見ていたベアトリーチェは激昂し、夜明けを待たずに儀式を始めると宣言するのだった。

（戦闘後）一方、白昼夢を彷徨っていたセイアは、足を踏み入れた先でとある人物と邂逅する。

20 聖女バルバラ

ユスティナ聖徒会のバルバラを前に苦戦を強いられるアリウススクワッド。 しかし、 その瞳はまだ諦めてはいなかった。

21 至聖所へ

（戦闘前）スクワッドの代わりにバルバラと戦う覚悟を決めたミカは、先生に感謝を告げ、聖徒会の前に立ち塞がる。その表情は晴れやかで、決意に満ちていた。一行はその場をミカに任せ、至聖所へと急ぐのだった。

（戦闘後）バシリカの至聖所に到着したアリウススクワッドと先生。祭壇からアツコを救出し、安堵の溜息を吐くのも束の間──待ち構えていたベアトリーチェと会敵する事になるのだった。

22 Agnus dei

（戦闘前）ベアトリーチェは、この儀式が最大多数の最大幸福にとって必要な犠牲なのだと、大人が到達すべき境地であり、義務なのだと告げる。先生はそれを否定し、自分はそんな存在ではないと返す。その言葉に激昂したベアトリーチェは、本来の姿を現して襲いかかってくるのだった。

（戦闘後）アリウススクワッドに敗れたベアトリーチェは、苦し紛れにバシリカに存在するすべての兵力を集結させようとする。その気迫に怯えるヒヨリたちをサオリは叱咤しながら、ベアトリーチェに向き合うのだった。

23 少女たちのためのキリエ（1）

終わりのない聖徒会との戦いの最中、ミカは聖歌隊室を見つける。アリウスもトリニティと同じような授業を受けていたのだと気づいたミカは、自身の過去を回想し、アリウススクワッドのために祈りの言葉と聖歌を口ずさむ。さらに増える聖徒会を前に賛美歌を唱える彼女の背中は、その場にいる誰よりも凛々しく、美しかった。

24 少女たちのためのキリエ（2）

（戦闘前）バシリカの至聖所に鳴り響くキリエに動揺するベアトリーチェに対し、先生は偽りの教えで生徒を奈落に落とした彼女を許すことはできないと告げる。その言葉に怒り狂ったベアトリーチェは、さらなる力を求めてサオリを生贄に捧げようとするのだった。

（戦闘後）ついにベアトリーチェを倒すことに成功するアリウススクワッド。祭壇からアツコを救い出し、一行は安堵の涙を流す。そして、まだ息があるベアトリーチェの前に、ゲマトリアのゴルコンダが姿を現し、目論見は失敗したのだと無情にも告げるのだった。

25 大切な人

（戦闘前）アツコを無事救出したサオリは、先生に対して好きなように処罰して構わないと告げる。そんなサオリに対して、処罰するつもりはない、自分の人生に対して責任を負うようにと伝えた先生は、彼女たちを残して去っていく。一方、聖徒会とバルバラとの終わらない戦いを前に疲弊していくミカ。諦めようとした瞬間、先生が間に割って入り、大人のカードを取り出すのだった。

（戦闘後）ベアトリーチェと連絡が取れなくなったアリウス生徒たちの前に、カタコンベから救護騎士団含むトリニティの生徒が現れる。慌てふためくアリウス生をミネは「救護」し、先生とミカの捜索に乗り出していくのだった。

26 これからの私達

意識を取り戻したセイアの言葉をもとにミカと先生を救うべくトリニティが一致団結する。そうして無事、ナギサとセイアと合流することができたミカは、2人に対して思いの丈をぶつけるのだった。

27 エピローグ

アリウス自治区から離れ、放浪の旅を始めることになったスクワッドは、いつの間にかサオリが姿を消している事に気づく。しかし、サオリには時間が必要なのだと頷きあい、彼女たちは各々の決意を胸に前を向いて歩いていく。一方、全ての事件が収束を迎えたトリニティではミカの聴聞会が始まろうとしていた。

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